Alle eingehenden E-Mails werden, bevor sie an den eigentlichen Mailserver eines Unternehmens zugestellt werden, von Gibraltar Mailguard untersucht und zwischengespeichert. Alle als unerwünscht eingestuften E-Mails werden für die Benutzer in einem individuellen Quarantäneordner gespeichert. Dort können sie jederzeit kontrolliert und manuell klassifiziert werden. Die manuelle Klassifikation verbessert die Filterleistung und wird dazu verwendet, falsch erkannte E-Mails erneut zuzustellen.

Alle guten E-Mails (Ham) werden sofort und ohne Verzögerung an den eigentlichen Mailserver zugestellt und zusätzlich ebenfalls eine frei zu konfigurierende Zeit im Gibraltar Mailguard zwischengespeichert. So ist es möglich, nicht als Spam erkannte E-Mails nachträglich zu klassifizieren und die Wirksamkeit des Spamfilters permanent zu verbessern.
Ein Benutzereingriff ist in der Regel jedoch nicht notwendig, da Gibraltar Mailguard auch selbst in der Lage ist, seine Leistung durch selbstständiges Lernen zu verbessern.